经过多年科技攻关，学院在微生物脱氮研究领域取得了重要突破，研发了异养-好氧反硝化高效微生物一步法脱氮、大孔网状功能载体固定化微生物脱氮、多介质固定化生物生态协同脱氮、ANAMMOX脱氮、流域多尺度综合模拟与调控等成套技术，实现了城镇生活污水处理厂氨氮和总氮的同步高效去除，促进了高氨氮有机废水处理过程中的同步硝化反硝化，构建了适宜于农村生活污水低成本分散处理的生物-生态协同脱氮技术模式。该技术体系近年来获授权国家发明专利20余项，发表SCI论文100余篇，获2013年度国家技术发明二等奖、日内瓦国际发明展特别金奖、中国石油和化学工业联合会技术发明一等奖等。
研究成果被列入河南省、江苏省、环境保护部和水利部示范推广项目，已在山西、广东、山东、江苏、上海、浙江、甘肃、辽宁、湖北、河南和北京等地推广应用，获国家重点环境保护实用技术示范工程，环境效益、社会效益和经济效益显著。
